V roce 2001 byl akreditován univerzitní studijní program Informační technologie se stejně nazvaným oborem. Pro zabezpečení jeho výuky vznikl od ledna 2002 Ústav informatiky Univerzity Pardubice. Ústav se v roce 2003 rozšířil o druhý bakalářský studijní program Elektrotechnika a informatika s oborem Komunikační a mikroprocesorová technika a díky zavedení nového programu došlo také k přejmenování Ústavu informatiky na Ústav elektrotechniky a informatiky. V roce 2007 byly akreditovány navazující magisterské studijní programy Elektrotechnika a informatika se studijním oborem Komunikační a řídicí technologie a Informační technologie se studijním oborem Informační technologie. V závěru téhož roku bylo schváleno rozšíření akreditace bakalářského studijního programu Informační technologie o další studijní obor Řízení procesů a v lednu 2008 vzniká nová fakulta Univerzity Pardubice, a to Fakulta elektrotechniky a informatiky. V únoru 2009 byl Fakultě elektrotechniky a informatiky akreditován první doktorský studijní program Elektrotechnika a informatika s oborem Informační, komunikační a řídící technologie. Svého navazujícího magisterského oboru se roku 2011 dočkal také obor Řízení procesů. 

V současné době fakulta nabízí sedm studijních oborů v bakalářských, navazujících magisterských a doktorských programech Informační technologie a Elektrotechnika a informatika, čímž reaguje na potřebu vysokoškolsky vzdělaných specialistů v oblasti elektroniky, komunikačních, informačních a řídicích technologií.